Historia del municipio
Ya en épocas muy antiguas estuvieron poblados los contornos. Los restos de algún asentamiento o villa romana en un collado llamado Guadina, cercano al pueblo confirman la suposición.
El nombre de Pareja, unos dicen que pudiera venir de 'Pareia', como paraíso -demasiado poética-, y otros de Parelia (muros y paredes de una fortaleza), pero lo cierto es que ya en el siglo XII aparece en documentos como aldea de Huete, escrito como 'Paradeja', que vendría a significar lugar de prados.
En 1156, el rey de castillo Alfonso VII, donó Pareja y sus aldeas próximas al obispo de Sigüenza, don Pedro de Leucata, estando poco tiempo bajo sus dominios, ya que, en 1177, reconquistada por Alfonso VIII a los árabes, la ciudad de Cuenca, donó a perpetuidad en 1198 este enclave de Pareja y sus aldeas (Chillarón, Parejuela, Alique, Hontanillas y Tabladillo) al obispo de Cuenca.
Su situación, en pleno cruce de caminos en el corazón de La Alcarria, hizo de Pareja lugar de paso indispensable para los peregrinos que hacían el Camino de Santiago. Está perfectamente señalizado a su paso por el término municipal de la localidad. La villa fue elegida por los obispos conquenses para vivir en ella durante largas temporadas.
De este modo, e invitado por los obispos en 1214, se alojó en Pareja el rey Alfonso VIII. Esta villa gozó de numerosos privilegios y exenciones por parte de los reyes castellanos, entre otros, el de que sus vecinos pudieran viajar sin obligación de pagar impuestos por toda Castilla, y el de que pudieran celebrar cada año una gran feria comercial en primavera, que ha sido recuperada por el Ayuntamiento.
En 1352 tuvieron lugar convulsos acontecimientos que tuvieron su origen en la disputa entre los vecinos de la villa y el obispo de Cuenca. Los luctuosos hechos hicieron precisa la intervención de Enrique IV, quien sancionó la actuación del obispo y forzó su marcha a Roma. A pesar de ello, el obispado conservó el control de Pareja hasta la abolición de los señoríos, en el siglo XIX.
La importancia de la inquisición en la villa se evidencia en los procesos que durante los siglos XV y XVI se llevaron a cabo, especialmente contra la población judía y algunas mujeres, vecinas del pueblo, como Juana, La Morilla, que fueron acusadas de brujería y condenadas por el Santo Oficio.
La protección de los reyes y obispos hizo prosperar a Pareja, celebrándose en ocasiones sínodos episcopales de Cuenca. En 1534, siendo obispo don Diego Ramírez de Fuenleal y con anterioridad en 1344, siendo obispo don Bernardo, se publicaron desde el coro de su Iglesia las constituciones sinodales que había redactado para toda su diócesis.
Otra de las instituciones de mayor representatividad fue el Cabildo Eclesiástico, fundado por el arcipreste de Pareja, don Rodrigo de Valdés, en 1524, y puesto bajo el patrocinio de San Pedro y San Pablo, que acogía a todos los clérigos que en la villa vivieran u ocuparan en ella un cargo oficial y remunerado.
Durante la Guerra de la Independencia, Pareja fue testigo directo del hostigamiento que Juan Martín, El Empecinado, ejerció hacia las tropas francesas, destruyendo el puente que en el término existía sobre el río Tajo para dificultar la defensa de las tropas de Napoleón.
En 1816, con la villa muy maltrecha tras las diversas incursiones y batallas de la Guerra de la Independencia, se fundó en Pareja la Real Sociedad de Agricultura, cuya finalidad era la de fomentar el estudio y aplicaciones prácticas en torno a los más variados temas de la vida y sociedad y por ende ampliar la cultura popular.
A mediados del siglo XIX, la villa quedó desvinculada de la diócesis de Cuenca, pasando a formar parte de la provincia de Guadalajara.